1、由于《规则》取消了传统的立卷模式和立卷方法，长期以来我们在工作中所执行的《机关档案工作业务建设规范》、《机关文件材料归档与不归档范围》、《文书档案保管期限表》、《文书档案案卷格式标准》、《档号编制规则》等规范已经部分失去价值，而新的相应的规范还没有出台，基层档案工作者有时有种摸着石头过河的感觉。
2、《规则》实行文件级管理，文件改用盒装，使文件容易被撕破、丢失。在实际工作中，遇到如
婚姻档案、调资，人员调动、毕业生分配、征用土地等内容相近但数量较多的情况时，以一事作为一件就不便于管理和利用。实践中，我们把几个人或几件同类的事由作为一件来处理。
3、《规则》规定档案盒可以竖放也可以平放。工作中，如果是平放则不利于放在底层的档案的调用。如果是竖放，有的盒内文件不是装得太满，就会产生盒内文件左重右轻或头重脚轻等现象，时间久了文件就会变形。
4、以件为单位管理，随办随归，从一定程度上会破坏文件之间的有机联系，因同一事由形成的不同文件，由于由不同的部门处理，根据不同的来源和价值、时间的先后存放于不同的盒内，割断了文件之间的互相联系，看不出事件的产生发展过程，从而在一定程度上影响了档案的利用，并且在提供利用时，同一事由的文件材料分别从不同的卷盒内提出，很不方便。这种现象在实现了文档一体化管理、随办随归的单位比较突出。
5、《规则》的实施，也会给档案馆的接收工作和统计工作产生影响。依据《档案法》，各单位形成的永久、长期档案在保存十年后要移交进档案馆。由于是以件为单位逆行管理，档案馆在接收档案时，不得不一盒一盒地打开，对照归档文件目录，逐件检查是否加盖归档章、归档章填写是否正确、盒内件数与顺序号与盒外标注是否一致等，这将大大增加档案的工作量，这个问题将在《规则》实施十年后很尖锐地摆在我们的面前，
此外，在进行档案数量的统计时，传统立卷方法一般是以卷为单位，现在是以“件”为单位呢？还是以“盒”为单位？如果计算库存总量，又以什么为计量单位？今年的达标升级在统计档案数量时马上就要面临这个问题。
当然，尽管我们在《规则》的实施中遇到一些暂时的问题和疑惑，但是还是感觉到它能够解决我们在档案馆（室）工作中的许多现实问题，作用是相当明显的。我们认为，《规则》的实施不仅仅是改变了我们的立卷方法，而且将会改变我们在档案工作的某些习惯性思维。
《规则》实施后，立卷工作简化了，我们的业务指导工作也要相应地改变。从前，业务指导人员终年穿梭子各基层档案室，忙于指导如何分类、组卷，如何编目，指导方式原始，内容单一，效果也不明显。今后，档案工作的业务指导应该站在更高的起点上，可以侧重于档案工作的执法检查、档案的价值鉴定、参考资料的编写和现代化管理。这就对档案业务指导人员提出了更高的要求，只有努力提高自己的综合素质，掌握最新的档案学理论和现代化管理知识，才能够适应新形势下档案工作的需要。
《规则》实施后，也会使沿袭多年的机关档案工作重心发生变化。从前，机关档案工作侧重于年复一年地组卷，仅仅编写一些简单的检索工具和参考资料。现在档案人员可以节省出大量的精力，尤其是对档案实现现代化管里，提高了工作效率之后，档案员可以加强档案的鉴定和编研工作，在机关的全面工作中发挥更大的作用。
